30 octobre 2024

Chaque année, les infections par des bactéries multirésistantes (résistant à au moins trois familles d'antibiotiques) entraînent la mort de plus d'un million de personnes à travers le monde. Six bactéries sont responsables de la plupart de ces décès : Staphylococcus aureus, avec des souches résistantes à la méticilline (SARM), Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae et Pseudomonas aeruginosa (bactéries Gram négatif multirésistantes, ou MRG-), Enterococcus faecium et E. faecalis (entérocoques résistants à la vancomycine, ou ERV). Ces germes franchissent les barrières d'espèce, se transmettant de l'animal à l'Homme, et réciproquement. Ils sont par ailleurs impliqués dans la majorité des infections nosocomiales. Dans ce contexte, des chercheurs allemands ont analysé le risque associé au fait de détenir un animal de compagnie (chien ou chat) sur le portage de bactéries multirésistantes, chez des patients hospitalisés issus d'un milieu urbain.

Écouvillonnage des flores oronasales et fécales

Près de 3 000 patients hospitalisés à l'hôpital de la Charité à Berlin, entre 2019 et 2022, ont été inclus dans cette étude cas-témoins. Les patients souffrant d'une affection aiguë, ou ayant subi une chirurgie ou une chimiothérapie étaient exclus. Des écouvillons nasaux et rectaux étaient prélevés 72 heures après admission à l'hôpital, afin d'identifier les “cas” (détection de SARM, MRG- ou VRE) et les témoins (absence). Les participants répondaient en outre à un questionnaire ciblé sur les facteurs de risque connus de portage de BMR (âge, hospitalisation ou traitements antibiotiques antérieurs, pose d'un cathéter…), et sur la présence d'un animal de compagnie (chien ou chat) dans leur foyer. Les propriétaires de carnivores domestiques étaient ensuite chargés de prélever des écouvillons oropharyngés et fécaux de leurs animaux, à l'aide d'un kit de prélèvement envoyé à domicile. Ces prélèvements étaient mis en culture, pour isolement bactérien et identification. Lorsque les phénotypes bactériens se révélaient identiques chez l'animal et son propriétaire, un séquençage complet des génomes bactériens était réalisé, pour comparaison.

Portage : patients et chiens plus souvent que chats

Au total, 2 891 patients ont été inclus dans l'étude, dont 871 cas (30 %) et 2 020 témoins (70 %). Sur l'ensemble des participants, près d'un patient sur cinq hébergeait une bactérie Gram négatif multirésistante (19 %, n =540), 9,5 % (n=275) un ERV, et 4 % un SARM. Un peu moins d'un quart des participants (22 %, n = 626) était propriétaire d'au moins un chat ou un chien : 18 % parmi les cas (n=154) et 23 % chez les témoins (n=472). Sur 626 propriétaires d'animaux identifiés, un peu moins de la moitié (48,5 %, n =298) ont fourni des prélèvements collectés sur leurs compagnons (203 chiens et 194 chats). Résultats : 18 % des chiens et 4,5 % des chats étaient porteurs d'une BMR. 17 % des chiens et 3,6% des chats étaient porteurs d'une bactérie Gram négatif multirésistante, l'espèce la plus représentée étant E. coli, avec des souches porteuses de béta-lactamases à spectre étendu. La prévalence d'ERV dans les échantillons fécaux s'élevait à 1,5 % chez les chiens, et 1 % chez les chats. À noter : aucune bactérie multirésistante, et notamment aucun SARM, n'a été isolée à partir des écouvillons oropharyngés.

Pas de risque augmenté pour les propriétaires d'animaux de compagnie

Quatre couples “propriétaire-animal” partageaient une BMR de même phénotype : E. coli résistante aux céphalosporines de troisième génération pour deux d'entre eux, et E. faecium résistante à la vancomycine pour les deux autres. Le séquençage génétique de ces souches a révélé une similitude chez un seul couple propriétaire/animal, évocatrice d'une transmission croisée. Finalement, le portage d'une BMR génétiquement identique chez l'animal et son propriétaire s'est révélée très rare : un cas sur 397 (0,25 %), ce qui est un résultat bienvenu, à moins d'un mois de la semaine mondiale de sensibilisation à la résistance aux antimicrobiens 2024, au cours de laquelle la menace liée aux usages vétérinaires des antibiotiques est souvent exacerbée. Justement, l'analyse statistique menée sur l'ensemble de la population étudiée est claire : le fait de détenir un animal de compagnie, chien ou chat, n'apparaît pas comme un facteur de risque du portage de BMR, chez ces patients hospitalisés, et vivant en milieu urbain. Au contraire, les propriétaires d'animaux présentaient un taux de portage de BMR plus faible que le reste de l'échantillon. Un résultat qui pourrait être dû au plus jeune âge, et au moindre taux de comorbidités de ces patients.