15 janvier 2025

Les entéropathies inflammatoires chroniques (EIC) se caractérisent par des symptômes digestifs (diarrhée, vomissements, perte de poids, douleurs abdominales) évoluant depuis plus de trois semaines, en lien avec une inflammation persistante de la muqueuse intestinale. En plus des facteurs génétiques, immunologiques et environnementaux, le déséquilibre du microbiote digestif constitue un des piliers de la pathogénie des EIC. Sur le plan structurel, ce déséquilibre se traduit par une diminution de la diversité microbienne, avec une prédominance de certaines familles et espèces bactériennes (Protéobactéries, Actinobactéries, Escherichia coli). Sur le plan fonctionnel, la dysbiose influence l'activité, la production et le métabolisme de différents composants cruciaux dans le maintien de l'homéostasie digestive : enzymes protéolytiques, acides biliaires, acides gras à courte chaîne notamment.

Traitement prometteur, mais réponses cliniques imprévisibles

Autorisée et pratiquée en médecine humaine dans des conditions spécifiques et réglementées, la transplantation de microbiote fécal (TMF) apparaît comme un traitement prometteur des EIC chez le chien, bien qu'en dehors de tout cadre règlementaire vétérinaire. Les quelques publications rapportant des essais font état de réponses cliniques favorables chez certains individus, avec des résultats imprévisibles en termes de durée de rémission, ou de degré d'amélioration clinique. Dans sa thèse d'exercice publiée en 2024, un confrère s'est intéressé aux modifications fonctionnelles du microbiote fécal consécutives à une TMF, et à leur corrélation avec l'évolution clinique observée sur un échantillon restreint de chiens atteints d'EIC.

20 chiens traités par transplantation de microbiote fécal

Son travail a consisté en une analyse rétrospective des données cliniques et des résultats d'analyses des selles des chiens atteints d'EIC, et traités par TMF à l'hôpital universitaire d'Oniris VetAgrobio Nantes, entre 2021 et 2024, dans le cadre d'une étude menée par des chercheurs de l'Inrae et d'Oniris. Les patients retenus devaient présenter des symptômes digestifs depuis plus de trois semaines, les causes parasitaires, métaboliques et alimentaires ayant été éliminées. Les chiens ayant reçu une antibiothérapie dans les 3 mois précédents étaient exclus. Au total, 20 chiens ont été inclus dans son travail (5 femelles et 15 mâles). Les bergers allemands et les Golden Retrievers étaient les races les plus représentées au sein de l'échantillon (respectivement 6 et 4 individus). Il n'y a pas eu de groupe témoin positif (chien à EIC sans TMF) mentionné dans la thèse. C'est donc une étude exploratoire. La TMF était réalisée par voie endoscopique, à partir d'une banque de microbiote fécal issue de donneurs rigoureusement sélectionnés, afin d'écarter tout risque de transmission de maladies contagieuses, ou possiblement associées à une dysbiose (obésité, atopie). Les fèces étaient récoltées à J0, jour de la TMF, et analysées pour dosage des acides biliaires, des acides gras à courte chaîne (AGCC) et de l'activité protéolytique. L'évolution clinique était objectivée par la détermination du score CCECAI (Canine Chronic Enteropathy Clinical Activity Index), qui compile les variations d'une dizaine de paramètres cliniques, dont l'état général, l'appétit, les vomissements, la consistance et fréquence d'émission des selles, perte de poids, prurit, albuminémie, présence d'ascite ou d'œdème périphérique. Un rendez-vous de contrôle pour l'évaluation du CCECAI était programmé 30 jours après la TMF (J30). Enfin une dernière évaluation clinique, ainsi qu'une analyse de selles étaient réalisées à J90.

Réponse clinique favorable et durable : un cas sur deux

Le succès clinique était défini comme une réduction d'au moins 50 % du score CCECAI entre J0 et J30. Il était considéré comme temporaire si cette baisse était suivie d'une nouvelle augmentation du CCECAI entre J30 et J90, et durable dans le cas contraire. Sur les 20 chiens de l'étude, 10 ont montré une réponse clinique favorable et durable, et trois une réponse favorable mais temporaire. Chez les 13 chiens ayant connu un succès thérapeutique, l'analyse des selles a révélé une diminution de l'activité protéolytique totale (- 74 % entre J0 et J90) et une augmentation significative des concentrations de certains acides biliaires secondaires (acide lithocholique et déoxycholique) et AGCC (propionate et acétate) entre J0 et J90.

Modifications fonctionnelles du microbiote

Ces résultats corroborent ceux de précédents travaux scientifiques. Chez l'Homme, une étude menée sur 50 patients atteints de maladie de Crohn et 50 témoins bien portants, a ainsi révélé une activité protéolytique fécale 10 fois plus élevée chez les sujets malades. Au-delà de leurs propriétés enzymatiques, les protéases jouent en effet un rôle clé dans le maintien de l'homéostasie digestive : certaines stimulent indirectement la croissance bactérienne et favorisent l'invasion des tissus par leur action délétère sur l'épithélium et la matrice extracellulaire intestinale. Issus de la fermentation des fibres alimentaires non digestibles, les acides gras à courte chaîne sont impliqués dans le maintien de l'intégrité de la barrière intestinale (le butyrate est même le principal nutriment des clonocytes) et la régulation de l'inflammation. Ils sont plus abondants dans les fèces des sujets sains, à l'instar des acides biliaires secondaires, dotés de propriétés antibactériennes et anti-inflammatoires.

Pour l'auteur, « ce travail apporte la preuve de concept que la TMF peut induire une amélioration clinique, et que cette dernière s'accompagne d'une évolution favorable des fonctionnalités microbiennes ». À l'avenir, les nouvelles techniques d'analyse, génomiques, devraient permettre d'améliorer la connaissance de la composition et des fonctionnalités du microbiote digestif, afin d'optimiser les protocoles de traitement. Des essais randomisés en aveugle seront nécessaires pour évaluer de manière rationnelle l'efficacité de tels traitements.