25 novembre 2024

Les antibiogrammes concernant les animaux de compagnie au sein du Résapath distancent à présent largement ceux des animaux de rente : sur plus de 93 000 souches analysées en 2023, 32,5 % concernent les chiens, 11,8 % concernent les chats et 16,4 % concernent les équidés. Le rapport du Résapath pour l'année 2023, publié à cette mi-novembre, fournit ainsi des résultats étoffés, confirmant que plusieurs tendances liées à l'antibiorésistance évoluent de manière favorable, y compris pour les chiens et les chats.

Favorable chez les chiens et chats ; pas chez les chevaux

En termes de tendances générales, les rapporteurs soulignent l'utilité de deux indicateurs « macro » complémentaires chez les E. coli pathogènes :

• l'évolution de la proportion de souches multirésistantes aux antibiotiques (phénotype Intermédiaire ou Résistant) à au moins trois molécules antibiotiques parmi amoxicilline, gentamicine, tétracycline, association triméthoprime-sulfaméthoxazole et acide nalidixique. « Une tendance à la baisse de cette proportion constitue un reflet global des efforts de réductions d'usage des antibiotiques, et donc de moindre exposition des flores bactériennes, dans le secteur considéré » ;
• l'évolution de la proportion de souches multisensibles (sensibles à ces cinq antibiotiques). La hausse de cette proportion est favorable.

Les rapporteurs relèvent ainsi « chez les carnivores domestiques, une situation assez favorable depuis 2020, avec des niveaux d'E. coli [multirésistants] stabilisés autour de 14 % chez le chien et 9 % chez le chat, et des niveaux d'E. coli multisensibles stabilisés autour de 36 % chez le chien et 44 % chez le chat » (voir l'illustration principale). En revanche, en médecine équine, ils notent « une évolution plutôt défavorable depuis 2017, avec une augmentation des niveaux d'E. coli [multirésistants] (passage de 13 % en 2017 à 23 % en 2023) et une diminution d'E. coli multisensibles (de 59 % en 2017 à 29 % en 2023) ».

Résistances aux antibiotiques critiques, là aussi les chevaux…

Chez les chiens, les dominantes pathologiques sont évidemment différentes pour les adultes ou les jeunes, les otites dominant chez les premiers, et les pathologies urinaires et rénales chez les seconds. E. coli est au second rang des isolements à partir d'adultes (17 % des souches) et au premier rang de ceux des jeunes. Pour cette espèce bactérienne, « entre 2021 et 2023, la résistance au ceftiofur est en baisse dans les infections de la peau (23 % à 13 %) et dans les otites (8 % à 2 %), mais stable dans les pathologies urinaires (3-4 %) ». Les rapporteurs notent aussi que « la résistance à l'amoxicilline et à l'amoxicilline + acide clavulanique est en net recul dans les pathologies urinaires (-15 % et -10 %) et dans les otites (-24 % pour les deux antibiotiques) ». Pour les staphylocoques coagulase positif, « 78 % des Staphylococcus aureus et 82-86 % des S. pseudintermedius sont résistants à pénicilline G. [Et] 30 % des S. aureus et 26-37 % des S. pseudintermedius présentent un phénotype MLSb (résistance macrolides/lincosamides) ». Chez les chats, les pathologies urinaires et rénales dominent (40 % des souches), et E. coli aussi (26 % des isolements). Et là aussi, la résistance des E. coli « à l'amoxicilline et à l'amoxicilline + acide clavulanique est en net recul (respectivement -15 % et -10 % par rapport à 2022) ». C'est aussi le cas pour les souches de Pasteurella sp. Pour E. coli, « la résistance aux antibiotiques critiques (2 % pour les C3/4G et 4 % pour les fluoroquinolones) est faible et stable ». Les rapporteurs reviennent dans un « focus » sur les tendances de l'évolution de la résistance aux antibiotiques critiques chez les E. coli pathogènes : elles sont « globalement favorable[s] pour les [céphalopsorines de 3^e et 4^e générations] C3G/C4G, avec des proportions inférieures ou égales à 5 %, sauf pour les chevaux (8 %), ainsi que pour les fluoroquinolones, pour lesquelles les proportions sont inférieures à 7 % » (voir les graphiques ci-dessous). Un autre « focus » prévient aussi que la résistance aux C3G/C4G et aux fluoroquinolones est systématiquement plus élevée chez Klebsiella pneumoniae et Enterobacter sp. que chez E. coli, en particulier chez les chiens et les équidés, et que « l'évolution de la résistance chez ces deux pathogènes est à surveiller ».

Amoxi-clav' : la rupture

L'augmentation des proportions de souches intermédiaires à l'amoxicilline et à l'amoxicilline-acide clavulanique chez les chiens et les chats n'est pas une exception : elle se produit aussi chez les volailles, les porcs et les bovins depuis 2016. Dans une autre « focus », les rapporteurs rappellent que, pour les chiens et les chats, il y avait aussi « une augmentation des proportions de souches intermédiaires à la céfalexine ». Cette augmentation (souches intermédiaires à l'amoxicilline, l'acide clavulanique et la céfalexine) s'est arrêtée en 2023. « Cette rupture est amplifiée par un apport important de données (+ 65 %) d'un nouveau laboratoire » entré dans le réseau en 2023. Elle suggère qu'il y a une augmentation de la proportion de souches E. coli pathogènes dont la céphalosporinase, naturellement présente, serait à nouveau active.

SARM et SASM, à surveiller chez chevaux et chats

Pour ce qui est des staphylocoques dorés (S. aureus) résistants à la méticilline (SARM), leur présence chez les chiens est en baisse (11 % en 2023, 20 % en 2022). Toutefois, les S. pseudintermedius résistants à la méticilline représentent 9 à 18 % de cette espèce, selon les pathologies. Chez le chat aussi, les SARM sont en baisse toutes pathologies confondues : « de 7-15 % en 2022 à 3-9 % en 2023 ». Chez le cheval, la proportion de SARM est stable, à 13 %. Chez le lapin NAC, elle est de 14 % (alors que chez les lapins d'élevage, la proportion de SARM est deux fois moindre). Dans un dernier « focus », les rapporteurs indiquent avoir analysé en détail 479 souches cliniques de S. aureus isolées de 143 chiens, 186 chats et 150 chevaux.

• Chez les chevaux, près d'une souche sur trois est un SARM (29 %), et cette importance est « potentiellement attribuable à l'émergence du clone ST612 », qui est déjà signalé dans de nombreuses structures équines à l'international (par exemple aux Pays-Bas ou en Australie), et présente plus de gènes de virulence que les souches ST398 (dites “du bétail”).
• Chez les chats, les rapporteurs ont eu la surprise d'identifier 68 souches sensibles à la méticilline (sur les 186 souches testées) appartenant au complexe clonal CC998. Or ces SASM du CC 398 « sont des pathogènes causant de graves bactériémies chez l'homme ».

Ces éléments pris ensemble « suggère[nt] fortement que les clones SARM ST612 et SASM CC398 doivent être surveillés de près afin d'éviter leur propagation zoonotique et de comprendre leur dynamique de transmission entre l'homme et l'animal ».